開山堂
開祖である隠元隆琦の位牌、像が祀られている。
毎月3日には「開山忌」という隠元の命日に法要を行っている。
上にある額「瞎驢眼」は「目の開かないロバ」と書きますが、禅語的に転用し「素晴らしい人」という意味として使われている。
売茶堂
煎茶道の祖とされている売茶翁の像が祀られている。
元々は黄檗の僧侶だった為(途中で辞退している)、萬福寺と深い関わりがあったそうである。
今でも煎茶道は続いており、21ほどの流派があるらしい。
鼓楼
毎晩9時頃に太鼓を叩き、鐘がなる。
今では鐘楼にまとめられたが、元々は鼓楼で太鼓、鐘楼で鐘を鳴らしていた。今では法要で使う物の収容庫となっている。
祖師堂
各々の時代の管長の位牌が祀られている。
第二代木庵性瑫から第六十一代亘令興宗まで並んでいる。
真ん中には范道生作の達磨像が安置されている。
聯灯堂
萬福寺の中でも新しく建てられたお堂で、事故災害で亡くなられた方、黄檗宗以外の僧侶などが祀られている。
恩林寺の御本尊である聖観世音菩薩もここからお越しになったとされている。